Der Fall der Berliner Mauer und die institutionellen Umwälzungen, die sich durch die Umsetzung der Einheitlichen Europäischen Akte und später den Vertrag von Maastricht ergeben, zwingen die junge Europäische Union dazu, ihre Identität und den Sinn ihres Aufbauwerkes neu zu überdenken. Jacques Delors mit seiner Intuition ist es, der sich u. a. an die Kirchen als sinnstiftende Instanz wendet und sie zur Teilnahme an den europäischen Debatten auffordert. Es entsteht ein zuweilen chaotischer, doch nichtsdestoweniger fruchtbarer Dialog zwischen den zuständigen religiösen Instanzen und den jeweiligen Kommissionen. Die COMECE behauptet ihre Stellung und gewinnt im Laufe der Jahre zunehmend an Dynamik. Persönlichkeiten wie Bischof Josef Homeyer (aus Hildesheim, Präsident der COMECE von 1993 bis 2006) und Msgr. Noël Treanor (Generalsekretär von 1993 bis 2008) drücken der COMECE ihren Stempel auf und initiieren tiefgreifende strukturelle und methodische Änderungen.