La COMECE traite des questions de droits fondamentaux dans le cadre de sa Commission des affaires juridiques, qui est un forum de discussion et d'échange d'informations sur les questions juridiques et politiques actuelles concernant le cadre institutionnel de l'Union.

Les réflexions de la COMECE se fondent sur le respect et la promotion des droits fondamentaux et des valeurs proclamées dans le document de la COMECE : Europe des valeurs, la dimension éthique de l'Union européenne: "Au-delà des politiques et des institutions, le projet européen repose avant tout sur des valeurs, sur une vision éthique de la vie et de la société. Toute communauté fondée sur la loi devrait également être fondée sur des valeurs ".

La COMECE a publié les documents liés à ce vaste domaine:

• Une Europe des valeurs, la dimension éthique de l'Union européenne

• Développer une législation européenne équitable en matière de non discrimination

• Proposition d'une stratégie de l'Union européenne pour le soutien du mariage et de la famille

Dans le domaine des droits fondamentaux, les principaux sujets de préoccupation pour la COMECE sont:

• la liberté religieuse
• les affaires familiales
• la protection de l’enfance
• l’égalité et la non discrimination
• la protection des données