La chute du mur de Berlin et les bouleversements institutionnels prévus par l'application de l'Acte unique puis du Traité de Maastricht obligent la jeune Union européenne à repenser son identité et le sens de sa construction. C'est l'intuition de Jacques Delors qui appelle alors les Eglises, entre autres instances porteuses de sens, à prendre part aux débats européens. Un dialogue parfois chaotique mais non moins riche s'engage entre les organismes religieux compétents et les commissions successives. La COMECE y prend sa place avec un dynamisme croissant au fil des ans. Stimulée par les personnalités de Mgr Homeyer (Hildesheim) et du Père Treanor, respectivement président de 1993 à 2006 et secrétaire général de 1993 à 2008, la COMECE opère de profonds changements structurels et méthodologiques.